A Irmandade da Santa Cruz dos Militares é dirigida por um Provedor eleito pelos membros do quadro efetivo, por um mandato de 4 anos (Artigo 62, Estatuto da ISCM, de 2005, alterado em 13 de agosto de 2014). Em outros momentos da trajetória da associação, os Provedores tinham mandatos anuais, tanto para o Provedor como para a Mesa Administrativa (atual Conselho de Administração) e comissões técnicas.
Não há muitos documentos sobre a Irmandade nos dois primeiros séculos da sua existência, razão pela qual fica difícil o levantamento de algumas informações sobre os antigos Provedores. Todavia, os relatórios de gestão dos Provedores publicados desde o século XIX, indicam que alguns dirigentes do período foram Governadores da Capitania do Rio de Janeiro. O primeiro Provedor da Irmandade foi o Governador da Capitania do Rio de Janeiro, Capitão-Mor Martim de Sá, a quem é atribuído o ato de doação do terreno onde está construído o nosso templo religioso.
No século XIX, foram Provedores personagens importantes da história militar brasileira como Luiz Alves de Lima e Silva, o duque de Caxias e Luís Filipe Maria Fernando Gastão de Orléans, o conde D’Eu. Há também aqueles que foram Secretários do Estado e Negócios da Guerra, no período Imperial, como é o caso do próprio duque de Caxias (Ministro da Guerra em 1855, 1861 e 1875), do Tenente General Polydoro da Fonseca Quintanilha Jordão (Ministro da Guerra 30/05/1862 – 08/04/1863) e do Marechal Henrique Beaurepaire Rohan (Ministro da Guerra 31/08/1964 a 11/02/1865).
Retrato do duque de Caxias, homenagem da Irmandade ao seu Provedor. MALISA. Luiz Alves de Lima e Silva, duque de Caxias. [1973]. Óleo sobre tela. Acervo ISCM.